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Q.本院創作人之股票申請緩課稅或擇低課稅是否有法源依據?
A.有法規依據。依產業創新條例第 12-2 條第1項：「我國學術或研究機構以其自行研發且依科學技術基本法第六條第一項歸屬其所有之智慧財產權，讓與或授權公司自行使用，所取得該公司股票，並依同法第六條第三項所定辦法分配予該智慧財產權之我國創作人者，該我國創作人取得之股票，得選擇免予計入取得股票當年度應課稅所得額課稅，一經擇定不得變更。…」。第5項「第一項所定自行研發且依科學技術基本法第六條第一項歸屬其所有之智慧財產權範圍、依同法第六條第三項所定辦法分配予我國創作人之股票認定、第二項於我國境內之產業、學術或研究機構服務並從事研發之認定、前項規定格式、申請程序、所需文件資料及其他相關事項之辦法，由科技部定之。」第6項「第一項及第二項我國創作人取得股票緩課所得稅之申報程序、應提示文件資料及其他相關事項之辦法，由財政部定之。」。國科會依該法規定訂定「我國學術或研究機構分配股票予我國創作人申請股票適用緩課所得稅作業辦法」。財政部則訂定「產業創新條例緩課所得稅適用辦法」。本院創作人申請股票緩課稅暨擇低課稅之程序，係參照依上述法規及國科會相關流程規定而設計。
Q.中研院何時可以幫圑隊申請股票緩課稅？
A.創作人應於每年最晚8月底送件，另緩課稅與否係個人的稅務規劃，其程序啟動與否，牽涉到創作人稅務規劃，應由創作人自由決定。若有意願，請創作人申請程序參考本院智財處網站的緩課稅專區。
Q.本院創作人自本院受讓股票後，本院創作人於申請緩課時已不在本院任職，應該向何單位啟動申請緩課稅程序？
A.創作人應向原聘任單位遞件，由原聘任單位依程序送至院本部辦理相關流程。
Q.申請緩課稅時，若同一技轉案有二人以上創作人而自本院取得股票時，得否二人以上創作人一起申請？
A.經洽詢主管機關，得二人以上創作人一起申請，免分別準備相關所需文件，惟需注意的是，每一個創作人應個別填具獨立「申請書」，若主管機關對於相關文件的有疑義，仍應以主管機關認定為準。
Q.台灣公司取得中研院技術的專屬授權，之後轉為開曼控股公司持股，是否就無法申請緩課？
A.開曼群島所設立的境外公司(以下簡稱境外公司)，非屬我國產業創新條例所稱依我國公司法設立之公司，故創作人無法適用緩課稅，並依取得該境外公司之股票時點不同，其應繳納所得稅的時點亦為不同：
- 若本院先將我國公司股票轉讓予創作人後，創作人選擇當年度申請緩課稅，惟之同轉換為境外公司股票時，因股票轉換視同實質轉讓，創作人應於轉換持有境外公司之當年度課徵所得稅。
- 若本院持有台灣公司股時即轉換為境外公司股票，再分配予創作人，創作人則因取得非依我國公司法設立公司之股票，則自始無法適用緩課稅。
Q.假設創作人申請緩課稅後，最後創作人不符合擇低課稅所定之從事研發工作二年以上之要件時，創作人應如何因應？
A. 若無法達到從事研發工作二年以上之要件時，創作人於轉讓股票予第三人時，僅能就轉讓時之「實際轉讓價格」作為當年度之薪資收入課徵所得稅，無法適用「實際轉讓價格」或「取得股票之時價」擇低課稅之規定。
Q.創作人自本院獲配之股票可否按30%計算成本費用後列入所得？
A.由於創作人獲配之所得為薪資所得非屬財產交易所得，且技術授權之所有權人為中研院而非創作人，自無財政部94年10月6日台財稅字第09404571980號令，得按作價抵充出資股款之30%設算該專門技術之成本及必要費用之適用。
Q.中研院所持有的股票，是否應該要申請緩課稅，創作人只需配合簽署文件？
A.本院為依法設立的政府學研機關，無須繳交所得稅，故亦無需申請緩課稅。申請緩課稅屬於創作人個人的稅務規劃，請創作人審視自身稅務狀況，再決定是否向本院遞件。
Q.緩課稅制度設有落日條款，如果都沒有買賣轉讓，是否就用不到擇低課稅?
A.如果沒有轉讓情事，日後給子女繼承的話也屬於轉讓，實際轉讓時就會課稅。
Q.擇低課稅是否要滿兩年才能申請?
A.未達兩年亦得申請，惟須實際從事研發工作達兩年始得擇低課稅。
Q.預計於明年將股票轉讓予公司員工，是否適用擇低課稅?
A.本院將股票分配予創作人，該股票即屬於創作人個人之股票，而非公司股票，創作人個人將股票轉讓予員工，則屬於個人出售或贈與，而非以公司名義發配股票，未滿兩年出售或贈與，則無法適用擇低課稅。
Q.創作人於一年內處分兩次股票，每次處分價格不一樣，要以何者認定擇低課稅?
A.如符合擇低課稅標準，於同一年度分次出售股票，則按照每一次出售股票的實際交易價格來計算擇低課稅價格。
Q.獲配股票後兩年內離開本院至私人公司從業，兩年後處分股票時是否能擇低課稅。
A.創作人到私人公司任職，如兩年間皆從事研發工作可以擇低課稅，如兩年間皆未從事研發工作則無法擇低課稅，至於是否從事研發工作之事實，則由公司認定。
Q.申請股票緩課所得稅之案件，各所、中心於主管機關認定前，暫無須辦理扣繳所得稅依據為何?
A.按產業創新條例緩課所得稅適用辦法第9條
第1項我國個人、公司或有限合夥事業適用第二條規定，我國創作人適用第三條規定及公司員工適用第五條規定者，扣繳義務人於給付股票時，免依所得稅法第八十八條規定辦理扣繳。
第2項股票發行公司依本條例第十二條之一第六項規定向各中央目的事業主管機關申請認定，及我國學術或研究機構依同條例第十二條之二第四項規定向科學技術基本法第六條第三項所定辦法之各主管機關申請認定，經各該主管機關否准其申請者，扣繳義務人應於主管機關函復申請人之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款並向稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單。
第3項扣繳義務人依前項規定期限補繳及補報者，得免加計利息並免依所得稅法第一百十一條及第一百十四條規定處罰，屆期未辦理者，應依前開所得稅法規定處罰。
Q.各所、中心如有誤向稽徵機關申報經認定為符合緩課相關規定之股票所得時，如何因應?
A.請聯繫財政部臺北國稅局南港稽徵所，檢附相關證明文件辦理各類所得扣報繳資料更正(註銷)作業，請參閱財政部稅務入口網有關扣繳單位申請更正扣繳內容案件說明，網址：https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/etw109w/cases/services/OLFETWI04/0
Q.股票申請緩課所得稅但仍須扣繳二代健保補充保費，本院出納薪資系統登打方式?