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本發明提出的方法(稱為Kart法)是採用分治法將序列切割為數個較小的片段，每個小片段均可個別處理，並且最終序列的全長比對由這些片段的比對組成，因此Kart法可視為能平行進行比對的方法。

高通量測序的技術讓生物學家得以用精密到核苷酸的解析度來探討基因體之間的差異，由於高通量測序可產生巨量的資料，因此高通量測序序列的分析需仰賴快速的比對方法。本發明提出的Kart法可快速地處理短序列與長序列，此外Kart法也可容許更高的測序錯誤率，根據實驗結果，Kart比多數的比對方法要快上許多，即使是錯誤率高達15％的序列，Kart依然能夠產生準確的比對。