因第三人侵害本院之研發成果，本院所獲得之賠償金部分應優先扣除本院為維護權利所支出之法律及相關費用後(優先從懲罰性損害賠償金中扣除，若仍有不足時，始從一般性損害賠償金及和解金扣除)，有餘者再依賠償金性質(一般性損害賠償金、和解金及懲罰性損害賠償金)分配如下：
- 一般性損害賠償金及和解金：於提撥百分之二十予科發基金或資助機關後，以創作人至多六分之一、創作人所屬單位至多六分之一比例進行分配，剩餘部分則全數歸屬於本院，但本院得視個人或團體對維護權利之參與程度及貢獻，另外給予獎勵
- 懲罰性損害賠償金(以法院有明確判決者為限)：因其性質與一般為填補損害之賠償金較為不同，因此，提撥百分之二十予科發基金或資助機關後，剩餘部分將全數歸屬於本院。