本院透過智財保護與技術移轉，致力於將研究人員利用公共資金研發之智識成果，轉化為能滿足實際社會需求的應用，以回饋社會造福人群，甚而提升我國際競爭力。為達成上述任務，本院除就具有社會應用潛力之研發成果，採行適當的智財保護手段外，亦積極促成學研界與業界間之互動與合作。
本院在保護及管理研發成果時，除運用著作權、營業秘密及商標權等法律保護外，最常選擇的智財保護手段，是將具有產業利用性、新穎性及進步性之成果申請專利。
在推廣應用性科學研究發展成果時，本院主要藉由專屬授權或非專屬授權、材料移轉及合作委託研究之產學合作等方式，將基礎科學研究成果轉化為具社會價值之產出。
本處重要業務：
一、專利申請
保護、管理並宣導智慧財產權觀念；鼓勵研究人員申報新發明；進行專利檢索、市場調查和技術評估，以瞭解新發明的可專利性和授權性；研擬專利佈局與申請策略；提出專利申請，取得專利並注意維護，以保護本院的智慧財產。
二、技術移轉
評估本院新技術潛在之商業價值，對國內廠商具承接能力之技術，積極尋求承接或開發技術之對象，執行授權合約、各類合作合約之談判、管理、維護。
三、產學合作
推動新興創新技術，結合萌芽計畫、國家型計畫辦公室、台灣生技整合育成中心等各項資源，透過合作研究開發、委託研究的方式，進行產學合作，協調產官學三者之互動與需求，落實技術移轉並活化產業結構，促成雙贏之共容伙伴關係。
四、新創育成
將本院技轉之重要研究成果，成立新創公司進行商業開發，並輔導新創公司進駐本院育成中心，提供技術、策略、及管理上的協助，共同開發新技術與新產品，促進產業升級、創造就業機會，達成產業的深耕與發展。同時也積極培育產業相關人才，透過各類實務講座、工作坊，以及與產業界之交流，創造跨領域主動學習環境，協助各領域研發人員培養創業家精神，擴展國際視野，提升創造力與國際競爭力。