由於每個技術內涵不同，產業特性差異也大，且外在產業條件隨時變更，因此不同時間點的不同技術移轉案的條件都不完全相同。依據本院科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法，基本的原則為有償、非專屬授權，授權對象以國內廠商為優先，但在特定的狀況下，仍有協商的空間。一些常見的條件如下：
前期款授權金：
- 簽約後一次支付或分期支付，授權金額擬定考量重要因素為：市場價格、重置成本 (如計畫經費) 以及預期收益 (如未來產品或相關產品之產值)等。
- 相關條件均應由本院技轉經理徵詢創作人建議及廠商意願後，納入相關市場及產業發展因素考量後，草擬條件簽請經院方核准後，由本院技轉經理代表本院與廠商協商。
- 本院進行技轉的目的，不是以尋求本院最大財務收益為目的，而是希望能經由技術移轉將研發成果盡早轉化為產業可用的技術，協助國內產業發展並希望能造福社會。
階段授權金：
若因為技術移轉後，產品開發期程很長，風險大但隨著產品開發進展相關技術價值可以提高（如新藥開發），則可設立不同的階段目標（milestone），約定不同達成階段目標時，分期給付之授權費用。
產品權利金：
- 通常是待產品開發上市後，廠商依銷售總額之特定百分比支付之費用。
- 產品權利金之百分比，通常視產業、產品特性而異。
- 可約定一次性支付，可以較快獲得收入且減少查核成本，但若產品生命週期長或市佔率成長性高，則以銷售總額之特定百分比收取權利金的方式較有利，兩種方式各有優點，與產品、產業特性有關。
專屬授權落日條款：
本院從事技術移轉的目的，主要是希望研發成果能獲得實現或商品化，為避免廠商技轉之目的為阻止其他競爭對手使用，或是不積極進行商品化，因此若是專屬授權，通常會依照原本廠商所提的產品發展計畫，設定各研發階段及產品上市之期限，若廠商無正當理由未能依約進行產品研發，則可依照一定程序將專屬授權變更為非專屬授權之約定，以利本院尋找其他合作伙伴。
本院名稱（商標）使用與權利保護：
為避免廠商濫用本院名稱等與本院有關聯之文字或圖片，契約中均會明定，非經本院書面同意，不得以任何方式（包括但不限於廣告、產品/投資說明等）利用本院、本院之員工、其所屬單位之名稱、院（所）徽、商標、或以其他任何方式使大眾認知本院與廠商商業發展之關連性。